Nhằm khuyến khích sử dụng nhiên liệu sinh học góp phần bảo vệ môi trường, ngày 26/11/2014, tại kỳ họp thứ 8 Quốc hội Khóa XIII đã thông qua Luật thuế TTĐB số 70/2014/QH13, trong đó quy định thuế suất thuế TTĐB đối với mặt hàng xăng là 10%; xăng E5 là 8%, xăng E10 là 7%.

         Tuy nhiên, trong thực tế, từ ngày Luật thuế TTĐB số 70/2014/QH13 có hiệu lực thi hành (ngày 01/01/2016), các doanh nghiệp sản xuất, pha chế xăng sinh học luôn phát sinh số thuế TTĐB còn được khấu trừ (do thuế TTĐB của xăng khoáng là 10% trong khi thuế suất thuế TTĐB của xăng sinh học là 8% hoặc 7%).

         Thêm vào đó, tại Nghị định số 108/2015/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế TTĐB và luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế TTĐB cũng chưa có quy định hoàn thuế TTĐB đối với số thuế TTĐB chưa được khấu trừ hết. Mặt khác, Nghị định cũng chưa quy định rõ doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ số thuế TTĐB bị cơ quan hải quan ấn định ở khâu nhập khẩu khi xác định số thuế TNDN phải nộp bán ra trong nước, dẫn đến khó khăn cho doanh nghiệp.

         Đối với các doanh nghiệp được phép sản xuất, pha chế xăng sinh học, việc kê khai nộp thuế, khấu trừ thuế TTĐB được thực hiện tại cơ quan thuế địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính. Số thuế TTĐB chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học (bao gồm cả số thuế chưa được khấu trừ hết phát sinh kể từ kỳ khai thuế tháng 1/2016) được bù trừ với số thuế TTĐB phải nộp của hàng hóa, dịch vụ khác phát sinh trong kỳ. Trường hợp sau khi bù trừ, còn số thuế TTĐB chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo hoặc hoàn trả.

         Có hiệu lực từ ngày 20/3/2019, quy định trên được kỳ vọng sẽ tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp sản xuất, pha chế xăng sinh học và phù hợp với chủ trương của Quốc hội, Chính phủ là khuyến khích sử dụng mặt hàng xăng sinh học.